Марганець (Mn) не настільки поширений як залізо, проте подібний своїми властивостями до нього. Він рідко зустрічається самостійно – в основному з залізом Fe2+. Відкладення марганцю накопичуються в трубах і помітні при включенні води. Марганцеві бактерії також існують і можуть спричинити закупорку труб. У порівнянні з залізом, марганець окислюється повільніше і потребує більшої кількості кисню.

Симптоми:

- чорний осад;

- мутна темна вода;

- інколи згадується як "чорна вода".

Концентрація марганцю вимірюється у мг/л, проте, навіть при малих концентраціях 0, 05 мг/л може завдати великих проблем. Окис марганцю має темно-коричневий колір, на поверхні цей колір переходить в чорний.

Процес видалення марганцю з води аналогічний процесу видалення заліза. Основний спосіб видалення марганцю з води – каталітичне окислення (система знищення заліза з марганцевим зеленим піском MGS чи МТМ).